Linux初心者にむけて


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PCクラスタとは

パソコンをネットワークで繋げ、多数のコンピュータで一つの仕事（科学計算やネットワークサーバ、データベース等）を行なうシステムをＰＣクラスタと呼びます。実験化学者にとってＰＣクラスタは、化学計算用をさすのではないでしょうか。
そのメリットは計算時間が短くて済むことです。例えば、原子Ａ、Ｂ、Ｃからなる分子の計算を行なうとき、軌道Ａ（原子Ａの軌道）とＢの重なり積分をコンピュータ１で計算させて、軌道ＢとＣはコンピュータ２、軌道ＡとＣはコンピュータ３のように３台同時に計算させると、１台のコンピュータで計算をさせるより、早く、計算ができるようになるのです。実際は、もっと複雑なんですが・・・
逆にデメリットは、システムが複雑になってしまうことでしょう。

予算と目的

このホームページを読みすすめると、具体的に購入したパーツの一覧が出てくるのですが、大雑把に言うと５０万くらいかかりました。いざ、購入して組み立てるとなるといくらで買えるのかが重要となってきますが、個人的には、何のためにＰＣクラスタを作るのかの方が重要だと思います。パソコンパーツの価格も下がり、必要なソフトウェアも、ほとんど無料で手に入るようになってきたので、容易にＰＣクラスタが構築できそうな状態なのですが、いざ、作るとなると大変さが伴います。
これだけの予算が余っているから、ＰＣクラスタを作ってみよう的な発想では頓挫してしまうのではと思います。具体的にこんな計算をするには、どれだけのスペックのコンピュータが必要で、ある程度、目処を付けて、あとは、気合で、頑張って下さい。
実験化学者であれば、実験計画は、しっかり立てて追行すると思うのですが、ＰＣクラスタがあれば、何でもできると思い、とりあえず使ってしまおうという感覚に待ったを掛けたいというニュアンスです。

viエディッタをマスターしよう

LinuxはテキストベースのOSだという認識をしています。科学計算を行なう際の入力ファイルもテキスト形式だし、出力もテキスト、Linuxの設定ファイルもテキスト形式で書かれています。Linuxのコマンドを覚えることも重要ですし、Bシェルをマスターすれば、いろいろ便利なのですが、viエディッタを使えるようになるのが、重要だと思います。エディッタなら何でもよいかもしれませんが、viをマスターしておけば、どんな環境下のLinuxでも操作できるようになるので、最初は戸惑うと思いますが、慣れれば、WindowsのWORDを使う感覚で、すぐに立ち上げて、ちょこちょこっとテキストファイルの修正を行なうようになってしまいます。